沈云鹏，男，讲师，硕士生导师。

现主要从事基于蛋白质结构的靶向药物设计、蛋白质酶活改造等研究工作。主持河南省科技公共项目1项；河南省教育厅项目1项；企业委托项目2项；发表高水平SCI论文10余篇；发明专利1项。 

通讯地址：河南省郑州市莲花街100号 

电子邮箱：shenswjs@haut.edu.cn

教育与工作经历

2007.09-2011.06 河南工业大学 生物工程专业 学士学位

2013.03-2015.03 韩国庆北国立大学 食品工学专业 硕士学位

2015.03-2019.09 韩国庆北国立大学 生命科学专业 博士学位

2019.09-至今       河南工业大学 讲师

实验室和科研团队简介

本科研团队聚焦结构生物学、蛋白质工程与精准靶向药物研发交叉领域，以蛋白质结构解析与功能改造为核心抓手，深耕基于蛋白质结构的靶向药物设计、蛋白质酶活改造两大核心研究方向。团队依托完善的生物大分子实验平台与计算模拟技术体系，聚焦重大疾病靶向治疗、工业酶优化升级等科学问题，开展基础研究与应用技术转化研究。

研究领域与方向

1. 基于蛋白质结构的靶向药物设计。结合生物信息学，单细胞测序技术锁定疾病相关靶蛋白，明确蛋白活性位点、配体结合口袋及关键氨基酸残基的作用机制，阐明蛋白介导疾病发生发展的分子机理。结合计算机辅助药物设计、AI分子生成、片段药物设计等前沿技术，精准开展靶向小分子药物、蛋白抑制剂、变构调节剂的理性设计与迭代优化。

2.蛋白质酶活改造。聚焦工业催化、生物医药、生物诊疗领域关键功能酶，针对天然酶普遍存在的催化活性低、热稳定性差、底物特异性弱、极端环境耐受性不足等缺陷，基于蛋白质三维结构信息与分子动力学机制，开展精准化蛋白质工程改造研究。团队整合定点突变、饱和突变、结构域重组、定向进化等经典改造技术，结合计算模拟辅助筛选突变位点，摒弃传统随机改造的弊端，实现酶分子的理性设计与精准改造。

研究成果

（一）主持的科研项目

1.基于深度学习模型的甲基转移酶 NSD2 的小分子药物设计，河南省高等学校重点科研项目（24A180008），2024-2025, 3万;

2. 新型自噬晚期抑制剂CUR5g结构优化关键技术及其在非小细胞肺癌治疗中的应用研究，河南省科技厅自然科学项（252102310410），2025-2026;

3. 一种合成1-碘代炔烃类化合物的方法在药物合成中的应用，企业委托。

（二）代表著作与论文

代表性论文：

[1]Yunpeng Shen, Guanghua Zhao, Dongjin Wan, Mingyang Liu, Tong Peng, Weichao Zhang, Panting Wang, Qiaochong He, Dual-layer elemental sulfur-packed denitrification reactor to control sulfate generation and sulfide discharge by two-point inlet and internal recirculation, Bioresource Technology, Volume 418, 2025, 131965, ISSN 0960-8524, https://doi.org/10.1016/j.biortech.2024.131965.

[2]Qiaochong He, Mingyang Liu, Hongtao Guo, Gaigai Cao, Yunpeng Shen, Dongjin Wan, FexSy composites as electron donor for aquaculture denitrification: Enhancing electron transfer efficiency and decreasing sulfate generation, Journal of Water Process Engineering, Volume 77, 2025, 108549, ISSN 2214-7144, https://doi.org/10.1016/j.jwpe.2025.108549.

[3]Shen, Y., Zhang, Y., Wu, T. et al. Identification of potential methyltransferase NSD2 enzymatic inhibitors through a multi-step structure-based drug design. Mol Divers 29, 4645–4662 (2025). https://doi.org/10.1007/s11030-024-11072-8

[4]Zhang, L., Yang, P., Chen, J., Chen, Z., Liu, Z., Feng, G., Sha, F., Li, Z., Xu, Z., Huang, Y., Shi, X., Li, X., Cui, J., Zhang, C., Fan, P., Cui, L., Shen, Y., Zhou, G., Jing, H., & Ma, S. (2023). CD44 connects autophagy decline and ageing in the vascular endothelium. Nature communications, 14(1), 5524. https://doi.org/10.1038/s41467-023-41346-y

[5]Zhiwen Wang, Yunpeng Shen, Longyun Cao, Hao Li, Haifeng Li, Linjie Song, Xintian Ma, Chen Dong; Enhancing the Catalytic Activity of Geranylgeranyl Diphosphate Synthase through Ancestral Sequence Reconstruction and Semirational Design. J. Agric. Food Chem. 28 August 2024; 72 (34): 19187–19196. https://doi.org/10.1021/acs.jafc.4c05029

[6]Zhang, Y., Cui, L., Chen, W., Belviso, B. D., Yu, B., & Shen, Y. (2023). Structure-based drug design of potential inhibitors of FBXW8, the substrate recognition component of Cullin-RING ligase 7. Molecular diversity, 27(5), 2257–2271. https://doi.org/10.1007/s11030-022-10554-x Yunpeng Shen, Damiaan E.H.F. Mevius, Rocco Caliandro, Benedetta Carrozzini, Yeonjeong Roh, Jihyeon Kim, Sunghwan Kim, Sung Chul Ha, Masayo Morishita, Eric di Luccio

[7]Set7 Is a H3K37 Methyltransferase in Schizosaccharomyces pombe and Is Required for Proper Gametogenesis, Structure, Volume 27, Issue 4, 2019, Pages 631-638.e8, ISSN 0969-2126, https://doi.org/10.1016/j.str.2019.01.011.

[8]Yunpeng Shen, Masayo Morishita, Doohyun Lee, Shinae Kim, Taeho Lee, Damiaan E.H.F. Mevius, Yeonjeong Roh, Eric di Luccio, Identification of LEM-14 inhibitor of the oncoprotein NSD2, Biochemical and Biophysical Research Communications, Volume 508, Issue 1, 2019, Pages 102-108, ISSN 0006-291X, https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2018.11.037.

[9]Yunpeng Shen, Masayo Morishita, Eric di Luccio, High yield recombinant expression and purification of oncogenic NSD1, NSD2, and NSD3 with human influenza hemagglutinin tag, [10]Protein Expression and Purification, Volume 166, 2020, 105506, ISSN 1046-5928, https://doi.org/10.1016/j.pep.2019.105506.

[10]Mevius, D. E., Shen, Y., Morishita, M., & di Luccio, E. (2016). Cloning, expression, purification and crystallization of Schizosaccharomyces pombe Set7, a putative histone methyltransferase. Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications, 72(Pt 4), 263–268. https://doi.org/10.1107/S2053230X16003794

（三）授权发明专利

1.沈云鹏; 杨康利; 刘娥; 一种合成1-碘代炔烃类化合物的方法, 2021-11-30, 中国, ZL 2021 11439515.8